蛋白质组学研究进展:技术革新与应用展望
摘要
关键词
蛋白质组学;技术进展;生物医学应用
正文
引言
蛋白质组学(Protechnology),在21世纪生命科学领域中扮演了至关重要的角色,专注于表达、修饰蛋白质和它们之间的相互作用。这一分支的研究对于揭示生命的本质以及对疾病发生和发展机制的理解至关重要。它超越了基因组学的传统范畴,更深入地关注那些直接参与生命活动的实际表达蛋白,旨在揭开生命的奥秘以及疾病的产生机理[1]。因此可以说明,蛋白质组学是设计出来的,目的是为了揭示生命的过程,也是为了揭示疾病的发生机制。为生物医学研究提供基础资料和理论支撑,对生命科学领域具有重要价值。
自20世纪末以来,随着双向凝胶电泳和质谱技术的出现,科学家们开始能够大规模地研究蛋白质的表达和修饰,标志着蛋白质组学的诞生。进入21世纪后,高通量技术的迅猛发展极大地拓宽了蛋白质组学的研究范围和深度。现在,我们不仅能够分析数以千计的蛋白质,还能够理解它们如何通过复杂的网络进行交互,从而影响生物体的生理和病理状态。
随着技术的进步,蛋白质组学正与生物信息学、结构生物学等领域交叉融合,推动了生命科学领域的发展。这种交叉融合为研究人员提供了新的工具和方法,使他们能够更准确地预测蛋白质的功能,解析蛋白质复合物的三维结构,以及理解蛋白质在细胞内的定位和动态变化。
然而,尽管取得了显著进展,蛋白质组学仍面临着许多挑战,如样品制备的复杂性、数据的处理和存储需求、以及结果的解释和应用。为了克服这些障碍,研究人员正在开发新的技术,例如基于人工智能的数据分析工具,以及用于提高分辨率和灵敏度的新质谱技术。
在生物医学领域,蛋白质组学的研究成果对诊断、治疗和预防疾病具有十分重要的作用。例如,通过蛋白质组学的研究,揭示癌症发生与发展的机理,提供癌症诊治的新思路与新途径。[2]此外,蛋白质组学在药物研发、个性化医疗和精准治疗等方面也具有广泛的应用前景。
本文将对蛋白质组学领域的新进展进行综述,并对其在生物医药领域的具体应用进行探讨。本文将通过介绍蛋白质组学的新技术和新方法,分析揭示蛋白质组学在生命活动规律和疾病发生发展机制中的作用。同时,我们还将探讨蛋白质组学在生物医学领域的应用前景和挑战,以期为未来的研究提供参考和启示。
1蛋白质组学的技术革新
1.1蛋白质鉴定技术革新
1.1.1质谱技术的突破
质谱技术的革新带来了这一领域的突破,这是蛋白质识别的主要手段。[3] 从单纯的蛋白质识别发展到能够进行高通量、高分辨率和高感度分析,传统的质谱技术使研究人员更加深入地了解了蛋白质的多样性和复杂性。
质谱对蛋白质鉴定的贡献,主要是基于目前最常用的基质辅助激光解析电离(MALDI)和电喷雾电离(ESI)两种技术——质谱软电离技术(ElectronicSoftTeleco[5]MALDI技术能够将蛋白质离子化并生成易于检测的准分子离子,而ESI技术则可以将蛋白质从液相中直接电离成气相离子。这些软电离技术使得质谱分析能够更准确地测定蛋白质的分子量和序列信息,为蛋白质鉴定提供了强有力的工具。这些新技术不仅提高了检测的灵敏度和准确性,还使得研究人员能够分析更广泛的蛋白质样本,包括那些难以处理的复杂样本。随着这些技术的不断发展和成熟,蛋白质组学中的高通量测序技术也在不断革新,为生物医学研究带来了更多的机会和挑战。
另外,在与纳米技术、生物成像和单分子测序等其他技术的结合中,使得质谱技术在蛋白质组学中的应用更加广泛和深入。[4]
1.1.2 图解析双向凝胶电泳
除了质谱技术外,双向凝胶电泳的图象分析也是蛋白质组学中重要的可分离识别蛋白的识别技术。双向凝胶电泳(2~DE)是一种将蛋白质按等电点分离出来的过程,并将其相对分子质量分离出来。在第一个等电聚焦电泳中,蛋白按照等电点分离,然后在第二个 SDS-PAGE 中基于相对分子质量进行分离。通过这种分离方法可以得到分布在二维的蛋白质电泳图。[6]图象分析是双向凝胶电泳的一个重要环节,通过对蛋白质斑点的位置和强度的分析,可以鉴定出不同的蛋白质。
当然凝胶上的蛋白斑也可以使用质谱分析等技术进行后续鉴别。近年来发展起来的图像分析软件和计算机算法技术可以更快速准确地识别、量化凝胶上的蛋白质斑点。通过革新技术,实验工作者们可以更好地解析蛋白质组,发现新的生物标志物和治疗靶点,为未来的生物医学研究奠定基础。
1.2 蛋白质互作功能研究技术
作为研究蛋白质互作功能的方法,酵母菌双杂交系统、生物传感芯片质谱、噬菌体显示和蛋白芯片都在近几年取得了令人瞩目的突破与发展。[5]
1.2.1酵母双杂交系统的进步
首先,酵母菌双杂交系是研究蛋白质互作的一种重要方法。它利用酵母菌细胞转运录因子与 DNA 结合的特性,通过监测转录因子的活性来分析蛋白质之间的相互作用。酵母双杂交系的应用范围及灵敏度随着技术的不断改进,近几年得到了显著的改善。同时,还研发出单杂交种、三杂交种、逆杂交种等技术,进一步丰富了酵母双杂交种系统的应用。[7]
1.2.2生物传感芯片质谱的创造[5]
这是一项高灵敏度的蛋白质检测方法——生物传感芯片质谱。作为一种新兴技术,该技术通过生物分子相互作用分析(BIA)深入探索蛋白质间的交互,融合了表面等离子激原共振(SPR)和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)两大技术。羧甲基葡聚糖聚合物被精心设计,以固定目标蛋白(肽),形成独特的生物感应芯片。当待测蛋白质或肽类溶液流经此固相载体时,与之相互作用的蛋白质(肽)就会被牢牢地吸附在高分子表面,从而引起射入光线的折射率改变。研究人员可以通过对这种变化的实时监测,对蛋白质之间的相互影响进行精确分析。更令人振奋的是,这些滞留在芯片上的蛋白质或肽可直接进行MALDI-TOF MS分析,进一步确认被检测的蛋白质身份。这一技术以其高效、准确的特性,正推动着蛋白质组学、生物医学和药物研发等领域的进步。该方法灵敏度高,特异性高,通过量大,可以在蛋白质组学、药物筛选和临床诊断等领域应用广泛。
1.2.3噬菌体展示技术的升级
噬菌体展示技术是一种用于研究蛋白质和多肽(polymophoride)类互作(polymophoride)的研究方法。它利用了噬菌体表面展示特定蛋白质或多肽的特性,通过与靶分子相互作用来筛选具有特定功能的蛋白质或多肽。8 目前在药品发现、研制疫苗 9、广泛应用于诊断试剂等领域。近年来,随着基因组学和合成生物学的发展,噬菌体展示技术的应用范围和规模得到了进一步扩大。
综上,该类研究蛋白质互作功能的方法,在新世纪以来的突破和发展,为人类更好地理解生命过程、发现新的药物靶点、推进相关领域的研究进展提供了有力的支持。
2.蛋白组学在生物医药领域的相关应用
2.1关于疾病发生机制的研究
蛋白质组学在疾病发生机制研究中的重要目的是方便寻找新型标志物[12],有助于疾病的诊断、分型和个性化治疗。同时,针对蛋白质组学还可用于建立疾病或研究主题的表达谱和分子机制,挖掘潜在靶标这一功能特点,还将被应用到相关癌症研究中:蛋白质组学可以通过比较癌症组织和正常组织的蛋白质组,[13]找出与癌症相关的异常蛋白质。这些异常蛋白质可能涉及到癌症的发生[14]、发展和转移过程,这些异常蛋白质可能成为癌症诊断和治疗的靶点,因此具有潜在的治疗价值,能够提供癌症治疗的更便捷的思维途径。
2.2 药物发现和效果评价
通过深入研究疾病靶点蛋白和药物作用机制,为新药研发和药物安全性评估提供技术保障:一是蛋白组学能深入研究疾病靶点蛋白,发现药物新靶点。研究人员通过对特定疾病蛋白组的分析,可以发现与疾病发生和发展有关的关键蛋白质可能成为药物潜在的靶点[11];其次,在药物研发过程中,蛋白质组学可以帮助评估药物对疾病靶点的影响,以及药物对整体细胞或组织的影响。通过对药物处理后的蛋白质组进行分析,可以全面了解药物的作用机制,督促药物筛选和性能优化。
另外,研究药物副作用的还可以采用蛋白质组学。了解药物对其他蛋白质的影响,从而预测药物的副作用,可以通过对药物处理后的细胞或组织的蛋白质组进行分析。这种全面的蛋白组分析有助于药物安全性的评估。
3展望与结论
但值得指出蛋白质组学是一个快速发展的领域,随着新方法和技术的不断涌现,其在生物医学领域的应用将更加广泛和深入。以下是作者对蛋白组学前景的展望,结合社会的呼吁:
1.蛋白质组学将更加精确高效:随着计算机行业的飞速发展,更多的检测技术以及软件将被发明并应用于科学研究事业,使得蛋白质组学的研究将更加精确高效。希望这些技术可以帮助研究人员加快蛋白质组学研究的进程,更好地分析蛋白质的结构和作用。
2.蛋白质组学将应用于更多领域:目前蛋白质组学已取得重要进展,包括药物研发、疾病诊断和治疗等。未来,企望蛋白质组学还可能应用于农业、环境科学、食品科学等领域,为这些领域的研究提供新的工具和方法。
3、蛋白质组学将推动个性化医疗的发展:蛋白质组学的研究能够帮助科学家更好地理解个体差异以及疾病的复杂性,从而为个性化医疗的发展提供强有力的支撑。未来,盼望蛋白质组学可能成为个性化医疗的重要工具之一,帮助医生为患者制定更加精准的治疗方案。
四、蛋白组学将与其他领域交叉融合:蛋白组学是包括生物信息学、计算生物学和纳米科学在内的一个跨学科领域,与多个领域紧密相连。未来,这些领域之间的交叉融合将更加深入,为蛋白质组学的研究提供更多的可能性。
总之,蛋白质组学是一个充满活力和挑战的领域,未来的发展前景广阔。蛋白质组学将在生物医学领域发挥更加重要的作用,为人类健康事业的发展做出更大的贡献,随着新方法和新技术的不断涌现和应用扩展。
参考文献
[1]定量蛋白质组学新技术新方法研究获新进展[J].分析测试学报,2013,32(10):1241.
[2]鲁大运. 基于蛋白质组学的肝癌及癌旁组织分子特征研究[D].中国科学院大学(中国科学院上海药物研究所),2023.DOI:10.27880/d.cnki.gksyw.2022.000007.
[3]季美超,付斌,张养军.基于质谱的蛋白质组学方法新进展[J].质谱学报,2021,42(05):862-877.
[4]白建瑞.基于生物质谱技术的蛋白质组学研究[J].现代农业研究,2023,29(04):145-147.DOI:10.19704/j.cnki.xdnyyj.2023.04.025
[5]詹显全,陈主初.蛋白质组中蛋白质鉴定技术的研究近况[J].国外医学(分子生物学分册),2002(03):129-133.
[6]熊兴东,许丽艳,沈忠英等.双向凝胶电泳图像分析方法的建立[J].癌变.畸变.突变,2002(03):139-143.
[7]张莉,黄倢.酵母双杂交系统的改进与研究进展[J].海洋湖沼通报,2006,(01):108-116.DOI:10.13984/j.cnki.cn37-1141.2006.01.016
[8]赵梦瑶,史增芳,宋丽丽等.噬菌体展示技术在现代医药应用的研究进展[J].中国医药工业杂志,2023,54(01):19-28.DOI:10.16522/j.cnki.cjph.2023.01.002.
[9]范能全,张玲,钟亚东等.噬菌体展示库筛选冠状病毒刺突蛋白抗体[J].中国药业,2023,32(21):50-56.
[10]阿娅江·塔拉甫,王鹏,康晓静.多组学技术在卡波西肉瘤中的应用研究[J].中国艾滋病性病,2023,29(11):1276-1280.DOI:10.13419/j.cnki.aids.2023.11.24
[11]黎尔彤,苏雅琳,刘文彬等.基于泛基因组学和消减蛋白质组学挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点[J].中山大学学报(医学科学版),2023,44(06):974-982.DOI:10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2023.0611
[12]侯梦园,张加强,温兆宇.蛋白质组学在术后认知功能障碍标志物中应用研究进展[J].中华实用诊断与治疗杂志,2023,37(10):1073-1076.DOI:10.13507/j.issn.1674-3474.2023.10.022
[13]孙浩,王丹.基于TMT蛋白质组学和网络药理学探讨常春藤皂苷元抑制宫颈癌SiHa细胞线粒体自噬的作用机制[J].中国药理学与毒理学杂志,2023,37(S1):27-28.
[14]张展,李建锋,王茸等.蛋白质组学在肿瘤心脏病学中的研究进展[J].中华老年心脑血管病杂志,2023,25(09):995-997.
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